標準核酸序列可分為植物來源、動物來源、微生物來源及重組生物制品的鑒別或鑒定用標準核酸序列等。

　　1.植物來源

　　植物來源的標準核酸序列系指用種屬來源明確的植物樣本按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，可用于植物來源的物種如中藥材、中藥飲片或提取物等的原植物鑒別或鑒定。

　　2.動物來源

　　動物來源的標準核酸序列系指用種屬來源明確的動物樣本按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，可用于動物來源的物種如中藥材（含飲片）和動物來源的生化藥、生物制品或藥用輔料等的原物種鑒別或鑒定。

　　3.微生物來源

　　微生物來源的標準核酸序列系指用種屬來源明確的微生物樣本按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，以及《伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊》收載的核酸序列，可用于生產(chǎn)、檢定及質(zhì)控用菌毒種、污染的外源微生物等的鑒定和溯源。

　　4.重組生物制品

　　重組生物制品的標準核酸序列系指用種屬來源明確的生產(chǎn)用的工程菌、毒種或生物技術產(chǎn)品等按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，可用于用菌毒株和動物細胞基質(zhì)等的原物種鑒別或鑒定。